Lasciato il calcio giocato diventa il vice allenatore delle giovanili dell’Atalanta. L’esordio sulla panchina di una prima squadra arriva nel 1974, quando viene chiamato dal Perugia.
Alla sua prima panchina biancorossa vince il campionato di Serie B. I risultati conquistati dalla sua squadra, detta dei ‘miracoli’, sono eccezionali per una provinciale nel massimo campionato. Al termine della stagione 1978-1979, infatti, il Grifone arriva secondo i campionato, alle spalle del Milan, con il record di imbattibilità.
Nel 1980 passa alla Lazio due stagioni, poi al Milan, che riporta in Serie A nel 1982-1983.
Alla fine della stagione 1984-1985 attraversa Milano per sedersi sulla panchina dell’Inter. Poi Ascoli, Pescara e Pisa, per ritornare nel 1993 al Perugia, in Serie C1. 

In biancorosso vince il campionato di Serie C1 nel 1994 ma il presidente Gaucci decide di sostituirlo, salvo richiamarlo in corsa nel 1998, anno in cui riporta il Grifone in Serie A dopo aver vinto lo spareggio ai rigori contro il Torino.

L’anno seguente fa crescere il giovane Nakata ma entra in rotta con Gaucci e rassegna le dimissioni dopo venti giornate, decidendo di chiudere definitivamente la carriera da allenatore.
Dall’agosto 2005 all’ottobre 2006 ricopre la carica di direttore tecnico e presidente onorario del Perugia.